倒置生物显微镜是用来对观察细菌以及活体组织培养、生物切片、生物细胞、流质沉淀等的观察和研究，还能观察其他半透明的物体、细小颗粒、粉末等，它是生物显微镜的分支。
三方面阐述倒置生物显微镜的工作原理：
一.凸透镜的五种成象规律
1.当物体位于透镜物方焦点以内时，则象方也无象的形成，而在透镜物方的同侧比物体远的位置形成放大的直立虚象
2.当物体位于透镜物方二倍焦距以外时，则在象方二倍焦距以内、焦点以外形成缩小的倒立实象;
3.当物体位于透镜物方二倍焦距上时，培养箱则在象方二倍焦距上形成同样大小的倒立实象;
4.当物体位于透镜物方二倍焦距以内，焦点以外时，则在象方二倍焦距以外形成放大的倒立实象;
5.当物体位于透镜物方焦点上时，则象方不能成象。
二.折射和折射率
光线在均匀的各向同性介质中，两点之间以直线传播，当通过不同密度介质的透明物体时，则发生折射现象，这是由于光在不同介质的传播速度不同造成的。当与透明物面不垂直的光线由空气射入透明物体(如玻璃)时，光线在其介面改变了方向，并和法线构成折射角。
三.透镜的性能
透镜是组成显微镜光学系统的最基本的光学元件，物镜目镜及聚光镜等部件均由单个和多个透镜组成。依其外形的不同，培养箱可分为凸透镜(正透镜)和凹透镜(负透镜)两大类。
当一束平行于光轴的光线通过凸透镜后相交于一点，这个点称"焦点"，通过交点并垂直光轴的平面，称"焦平面"。焦点有两个，在物方空间的焦点，称"物方焦点"，该处的焦平面，称"物方焦平面";反之，在象方空间的焦点，称"象方焦点"，培养箱该处的焦平面，称"象方焦平面"。
光线通过凹透镜后，成正立虚像，而凸透镜则成正立实像。实像可在屏幕上显现出来，而虚像不能。
在镜检时，人们总是希望能清晰而明亮的理想图象，这就需要显微镜的各项光学技术参数达到一定的标准，并且要求在使用时，必须根据镜检的目的和实际情况来协调各参数的关系。只有这样，才能充分发挥显微镜应有的性能，得到满意的镜检效果。
显微镜的光学技术参数包括：工作距离、数值孔径、分辨率、放大率、焦深、视场宽度、覆盖差、等等。这些参数之间是相互联系又相互制约的，在使用时，应根据镜检的目的和实际情况来协调参数间的关系，但应以保证分辨率为准，卖仪器网认为参数并不都是越高越好。